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La Universidad de Alcalá figura entre las cinco primeras universidades de España en importes obtenidos por proyectos de investigación nacional y entre las cuatro primeras en importe por proyectos de I+D colaborativa en 2013, según la Encuesta de Investigación y Transferencia del Conocimiento de las Universidades Españolas 2012-2013.

En el primer aspecto, solo la superan la Universidad Politécnica de Madrid, la Universidad de Barcelona, la de Valencia, y la Autónoma de Barcelona. En proyectos de I+D colaborativa, es la cuarta en España, tras las Politécnica de Madrid y de Cataluña y la Complutense. Los proyectos de investigación nacional son aquellos proyectos de convocatorias competitivas a nivel nacional procedentes de programas de la administración nacional y autonómica y de programas propios, mientras que los proyectos de I+D colaborativa son aquellos procedentes de la colaboración de la Universidad con las empresas a través de contratos y mecenazgo.

La Encuesta está elaborada de forma conjunta por las redes RedOTRI (Red de Oficinas de Transferencia de Resultados de Investigación) y RedUGI (Red de Unidades de Gestión de la Investigación), y fue presentada por la CRUE en unas jornadas celebradas en Pamplona. En ella han participado 65 universidades, de las cuales 47 son públicas y 18 privadas.

En la Encuesta se ponen también en evidencia algunas de las cuestiones que, de forma reiterada, la CRUE ha denunciado en los últimos años: la financiación para la investigación competitiva (aquella en la que se ‘compite’ para la obtención de un determinado contrato con otras universidades, grupos o entidades) se contrajo entre 2012 y 2013 en un 30% debido, fundamentalmente, a la reducción de las convocatorias públicas.